Buku ini menganalisis respon militer Indonesia (TNI) terhadap reformasi sektor keamanan pada masa transisi demokrasi kurun waktu 1998–2004. Dengan pendekatan komparatif, studi ini menelaah dinamika hubungan sipil-militer di bawah kepemimpinan tiga presiden sipil (B.J. Habibie, Abdurrahman Wahid, dan Megawati Soekarnoputri). Pembahasan mencakup penanganan pelanggaran HAM oleh militer, investigasi kasus korupsi (KKN), isu separatisme (Aceh, Papua, Timor Timur), serta penanganan kelompok Islam radikal dan konflik keagamaan di Maluku dan Poso.