Burung-Burung Manyar mengisahkan cinta rumit antara Teto, tentara yang memihak Belanda akibat dendam masa lalu, dan Atik, gadis nasionalis yang mendukung kemerdekaan Indonesia. Berlatar perang kemerdekaan, hubungan mereka terjebak dalam dilema tajam antara cinta, ideologi politik, dan pencarian jati diri di tengah konflik sejarah bangsa.