Kronik Burung Pegas mengisahkan Toru Okada, seorang pria yang meninggalkan pekerjaannya dan menjalani kehidupan rumah tangga yang tenang bersama istrinya, Kumiko. Kehidupannya berubah ketika kucing mereka menghilang dan Kumiko tiba-tiba pergi tanpa penjelasan. Dalam usaha mencari keduanya, Toru bertemu dengan berbagai orang dan mengalami serangkaian kejadian aneh, termasuk perempuan misterius, peramal, rumah kosong, sumur kering, serta suara burung pegas dari lingkungan sekitar. Perjalanan tersebut kemudian berkembang menjadi pencarian yang lebih dalam terhadap identitas, masa lalu, hubungan manusia, kekerasan, dan kekuatan gelap yang tersembunyi di balik kehidupan sehari-hari.