The Book of Secrets mengisahkan Pius Fernandes, seorang mantan guru yang menemukan buku harian milik Alfred Corbin, seorang perwira Inggris yang pernah bertugas di Afrika Timur pada masa kolonial. Catatan tersebut membuka kisah tentang cinta, pengkhianatan, identitas, dan hubungan antara masyarakat kolonial dengan penduduk setempat. Melalui penelusuran Pius terhadap masa lalu, novel ini memperlihatkan bagaimana sejarah dan rahasia pribadi saling berkaitan hingga memengaruhi kehidupan generasi berikutnya.