Botchan menceritakan seorang pemuda Tokyo yang setelah lulus sekolah menjadi guru matematika di sebuah sekolah di daerah Matsuyama. Dengan sifatnya yang terus terang, keras kepala, dan menjunjung tinggi kejujuran, ia sering berbenturan dengan murid maupun rekan-rekan gurunya. Kisahnya disampaikan dengan humor sambil menggambarkan kehidupan sosial dan dunia pendidikan Jepang pada masa Meiji.