Berlatar Jepang era feodal tahun 1600 menjelang Pertempuran Sekigahara, novel epos ini mengikuti kisah John Blackthorne, seorang navigator kapal dagang asal Inggris yang terdampar di pesisir kepulauan Jepang setelah armada kapalnya hancur. Di tengah jurang perbedaan bahasa dan budaya yang asing sekaligus keras, Blackthorne terseret ke dalam intrik politik berdarah yang digerakkan oleh Lord Toranaga, seorang daimyō ambisius yang bertekad menyatukan seluruh negeri di bawah kepemimpinannya sebagai Shogun. Menjalin relasi asmara terlarang dengan Lady Mariko—penerjemah berdarah bangsawan beragama Katolik yang terbelenggu kesetiaan dan kode etik kehormatan—Blackthorne bertransformasi dari tahanan asing yang dicap orang biadab menjadi samurai Barat pertama (anjin-san), sembari menyaksikan permainan catur politik para penguasa feodal dalam perebutan kekuasaan mutlak atas takhta kekaisaran Jepang.