Gong Nyai Gandrung bercerita tentang Waru dan Kintan, pasangan pengantin baru yang mencari rumah untuk mereka tinggali. Mereka akhirnya memilih sebuah rumah di daerah Magelang yang tampak menarik dari foto. Namun, setelah menempatinya, mereka menemukan berbagai hal aneh, seperti pendopo tersembunyi, ruang bawah tanah berisi buku-buku tua berbahasa Jawa dan Belanda, lukisan kuda, serta seperangkat gamelan dan gong yang tersimpan di gudang. Setelah menemukan gong tersebut, Waru dan Kintan mulai mengalami mimpi buruk, mendengar suara kuda pada malam hari, dan melihat sosok misterius. Mereka kemudian berusaha mengungkap rahasia dan sejarah kelam yang tersembunyi di balik rumah tersebut.