Membunuh Commendatore Jilid II melanjutkan kisah seorang pelukis potret yang tinggal menyendiri di sebuah rumah di pegunungan. Setelah menemukan lukisan misterius berjudul Membunuh Commendatore, ia mulai mengalami serangkaian kejadian aneh yang mengaburkan batas antara dunia nyata dan dunia metaforis. Hubungannya dengan Menshiki dan Mariye semakin berkembang, sementara sosok Commendatore terus muncul dan membimbingnya menghadapi berbagai misteri. Dalam perjalanan tersebut, sang pelukis harus menghadapi persoalan tentang seni, kehilangan, cinta, ingatan, serta makna kehidupan. Novel ini memadukan misteri, fantasi, seni lukis, dan realisme magis.